ベクタ(o)→空間演算ツール(G)→切り抜くをクリックします。
入力レイヤとオーバーレイレイヤを選択し、実行をクリックします。
オーバーレイレイヤ内の点(Point)が抽出され、一時レイヤに保存されます。
一時レイヤを右クリック→エクスポート→地物の保存で保存します。